2015年6月18日，《自然》杂志发布2015年全球自然指数（2015 Nature Index）。此次发布的2015全球自然指数涵盖了2014年1月1日至12月31日发表在68种世界一流科研期刊上的57501篇论文。其中，中国科学院仍然是自然指数中位列全球第一的科研机构。
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消息一出，不少人对此产生质疑。因为根据“自然”网站公布的2013年的自然出版指数（NPI）显示，中国科学院位列全球第六，相关计数值（CC，corrected count）不到哈佛大学的一半。仅仅一年，中科院就远远超越了哈佛大学，稳居世界第一，这的确让人有点匪夷所思。. n; e* q7 S: w! H6 V/ Y8 c
! R2 k6 K9 t4 e$ C0 [$ W& z 对此，观察者网进行了查询，原来在2014年，《自然》杂志对这一指数进行了修正。《自然》杂志将统计指数名称从NPI（nature publishing index，自然出版指数）改成了NI（nature index，自然指数）。统计的收录论文的期刊也从18本扩展到了68本。
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2014年12月，《自然》杂志首次以全新的“加权分值计数法”（WFC，weighted fractional count）指数方式发布2014全球自然指数（Nature Index），对2013年的相关数据重新进行统计。结果，在全球前200名科研机构中，中国科学院自然指数排名第一。( R1 w( x3 t) `9 M5 Y, }, {; P
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- R7 @ p3 I& S6 I0 z3 M. C
由于，中科院在《自然》杂志上发表的文章较少，但在其他杂志上发表了不少论文。因此在NPI排名中的位次较低。在对指数进行修正以后，中科院的排名大大提升。0 I5 W1 I# S9 e: f: z5 L
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根据“加权分值计数法”，若每篇科学论文的作者数为N，则将每一位作者对该篇论文的贡献记作“1/N”分，而不是都记为“1”分，同时考虑了不同学科之间的权衡问题，将学科优势和研究成果纳入分析中，因此更能反映一个作者、机构和国家对世界科学的贡献率。' f2 B9 _5 [, k1 P d9 {
u& h, ^& E, p* I/ w; j8 J2 e: S 根据加权分数式计量，中国位列第二，仅次于美国。中国的 WFT 从 2013 年到 2014 年增长了 16%。自然指数显示，中国最主要的论文合作国家是美国、英国和德国。本地区位居前五的机构中，中科院的论文合作比例最低，北京大学最高。( T9 z* }1 P# }' y/ L, L7 i
# j* A2 H' l7 S6 n5 R# C 英国著名杂志《自然》是世界上最早的国际性科技期刊，也是国际最权威的科学杂志之一，自1869年创刊以来，《自然》杂志每年都会以前一年所发表的论文为基础，衡量不同国家和研究机构的科研实力，并对往年的数据进行比较。
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0 A4 N; G8 R A8 K! t, e0 v; g [ “自然出版指数”（NPI）是根据各科研机构与高校在《自然》和其他17本自然系列研究期刊上出版的文章数计算，常被作为衡量高质量的基础性研究的标志性指标。该指数每月更新一次，记录过去12个月内发表的文章数据。
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NPI依据的18本期刊如下：
' B& G* M: u+ U" E4 `: Y+ W
) z; g& |7 R5 Y4 ~" I I. {+ f) _ Nature$ a V! d5 P; ^2 ?8 Z
4 w, {5 u0 G/ a; t! D9 [ Nature Biotechnology' F. {1 ~% z* l
" K3 `; d- |9 A Nature Cell Biology
6 U% y* H: w' I5 U- T% w% h' f
; W9 t1 H! Y0 b) P% n- M5 j- v Nature Chemistry
; F; | z, t% e3 ]% w g7 B
1 K$ k5 E' L- b5 w# P, i Nature Chemical Biology
; `- E5 p$ k" q4 ?. `' i& A" {5 ^5 w2 O. n
Nature Climate Change
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Nature Communications
+ ]- ~8 J+ m" y9 e2 U& ^9 F
7 M0 C( f' R' s7 g: e( h I Nature Genetics
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Nature Geoscience) v. O4 e- k& C& C5 G; W6 K
5 T+ I% C. I) o! ?) F
Nature Immunology
& D4 h, t- ~. T% H7 x. S2 T6 j0 c: b0 a b4 y- L: c
Nature Medicine: @/ v- Z3 Y' R- T$ ^/ v. f
$ s9 n$ T5 B1 E9 W' ?! H
Nature Materials
# O' U. g+ M' F0 z' I: g3 V& {5 c7 h7 U* s7 z( T
Nature Methods
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7 J) f: A% T5 ?. R. F Nature Neuroscience
" O, `* z& O5 p4 f P
6 ]$ q1 D* D$ a$ y4 t Nature Nanotechnology
$ G9 t0 f" E/ n8 o, x- ?4 h. _% R+ u1 K H& N7 K/ z) a7 ~
Nature Photonics
# V i" D: l! f. w- w* N' x5 O1 ?# b$ w: Z+ ^
Nature Physics
" e3 u& B9 h5 }. A9 Y- K: i/ u" X2 r5 H8 S
Nature Structural & Molecular Biology
0 n- |+ }7 S q9 s* J' w/ Z! Y7 e% v N o8 x
而“自然指数”（NI）是衡量国家与科研单位（大学）科研水平的新的指标，“自然指数”的依据是包括《自然》、《细胞》、《科学》在内的68家期刊。 68家期刊，是因为Nature集团基于学界的评价，把它们看成是科学界各学科最好的学术期刊，有人甚至认为，没有在这些期刊经常发表文章，就等于远离前沿，而且对你单位的学术影响力（“自然指数”）亦就没有贡献。
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% A4 ?6 T; I1 \8 t NI依据的68本期刊如下：- d1 O K# I# D
: G% o+ R: Q! }# Y Advanced Materials0 A0 F7 k0 Q8 J" o
: l" W" F0 j+ V* w, {* G
American Journal of Human Genetics6 Z0 I; k3 X' N, X8 y1 \
/ X# ^1 `$ ^2 N3 H( C Analytical Chemistry4 t) D' {" v1 c' @" P# i
- p2 u1 P p' P$ u0 o: L, h: h+ e Angewandte Chemie International Edition8 D# L4 F+ W! X
4 k- R" a& g2 ~4 B" F3 O* L) d6 _
Applied Physics Letters' H z* o; N. d7 @+ i* V
3 \+ P; ?! g9 i: a
Astronomy & Astrophysics
9 J3 j$ _3 r9 m3 u- [+ J
4 Q9 p5 k1 k) Y9 p8 X/ q Cancer Cell
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Cell（《细胞》）; A* v6 G6 m( v) A( o- _" m" Q
+ |/ i2 M: s! l* P! g: S2 s: ?5 @/ v Cell Host & Microbe
6 ^) I1 z0 Y! |4 G/ ~1 [* g% Y/ v
* |- e" J2 T. M/ f Cell Metabolism; }" |# H5 R3 d2 I. E& ^# E
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5 w( Y6 K1 E% Z! i0 ?/ _+ F3 R% U9 I/ U8 R a/ F. D; `/ v( B
Chemical Communications
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Chemical Science
0 r& I* Q3 }/ L U6 i8 `. n7 t3 A" c" |1 w& ]5 k1 U R0 |& v4 \
Current Biology
8 c8 T x; n8 ~: K) ~/ Y
9 p$ }. y) Q- I# B& K, Y Developmental Cell5 ]% f; z. F; V- h; h, G
$ c% u6 _4 `! Y) V2 }! z; C
Earth and Planetary Science Letters- f9 R( _" I, J
) v) x0 N. `( N1 S Ecology& R% |1 E1 z2 y0 b7 A+ J
; M+ ?- j1 C8 U# N# \& ^ Ecology Letters
3 q. ~4 ?* T9 ]" j: D c0 A% g# g2 P. J
European Physical Journal C
9 J5 ?3 n$ k. Y: O P, V/ V1 g: O1 e$ ?- R
Genes & Development
& N; W$ d- q- I* u2 R# z0 b, {4 E5 D" x# R
Genome Research
6 Q2 w4 z& F$ M0 H& w, G* Q. G: G" @2 O' m7 i
Geology
- F4 ?+ n2 f% N9 t) f; ~: ]% j" g1 H! j$ D6 l
Immunity
, p+ w9 {& T4 }1 x
H* ^& d* F1 r$ v0 N$ a/ u, f8 ^ Inorganic Chemistry
) y% N. d% k& ~5 G+ K/ H; V4 L: Z# A
Journal of Biological Chemistry! l# P& A. e( n+ r
' [. i9 a4 M* H9 K: U" w$ D
Journal of Cell Biology
/ D" c! Y6 i/ S) ?$ R- Q1 G$ B, y* W0 S" a- C
Journal of Clinical Investigation. C/ i, ~1 \% r% J" U2 d# F1 y% s
+ R$ J; C3 c; z. W Journal of Geophysical Research: Atmospheres# j5 x& M& l( x/ u% j3 n
/ {( p+ |* Q* v: O Journal of Geophysical Research: Oceans
3 x' t: p% e0 w k O
1 R1 h% s3 b, @1 q) t Journal of Geophysical Research: Solid Earth9 M4 u- @# {$ e. Q/ b) _
- g) `4 [2 T) I$ [6 t, R Journal of High Energy Physics
% s. p' D. E/ U4 j$ S! W: z: y" L
9 L& Y" D# z- {, w- c2 X( c Journal of Neuroscience
, f K6 v# f/ q7 T5 B% E3 @/ S2 \
1 g% R6 Y% \ M! ]3 \$ t; Q Journal of the American Chemical Society
2 @6 L- Q; Q% _! V$ D3 F( g( k+ U
# \: m! I7 F' n1 ? Molecular Cell
# I) H8 F5 I- g$ F) l9 j( e5 ?/ N6 _0 h
Monthly Notices of the Royal Astronomical Society) s& r d1 W! @+ L! } U
: S3 _( F/ q) ~) A Nano Letters# F, u; \/ a+ h" j
# x- t7 U# U2 Y; E3 w1 s Nature （《自然》）% X) Z( I ]" }5 H
% C" y8 e; S: C" |2 s, c Nature Biotechnology1 N! ?, @' r: q
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Nature Cell Biology$ p) Y# { U3 f3 ~2 G2 L
7 P+ B: Q9 s1 f [ Nature Chemical Biology
: O' h5 U+ z0 ?& q3 A/ z/ @* [' d( g* J0 S
Nature Chemistry
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Nature Communications
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* H! d, @% ?" Z) ~2 _ Nature Genetics( l6 V; }# b+ k4 `, R- @: G N; U
4 o% k( o# D6 M) c3 X. ~8 v& {
Nature Geoscience( ?: u, c* T4 K2 v- c7 ?( m R
6 j, R/ h* \2 j+ \2 } Nature Immunology! Y" A2 @1 O/ l
# p! o7 R/ q; w4 } _2 d3 c$ y Nature Materials! ]/ m. D/ L* Y- W
& ?- U' a) v9 f! f7 ^7 ] Nature Medicine# [/ Y7 C+ ?" Y7 O, I1 H, I
) X f$ M: o, S8 o5 ~2 q0 I) t Nature Methods" f) B' g4 N/ c4 q8 E$ A- {/ y
0 g1 Q: P) q% K- C" V4 M Nature Nanotechnology
+ m! j" \" D, j4 R0 e
" x/ X% d I+ Z" g& _ Nature Neuroscience( T0 k5 B# z8 L5 m
& A0 g* V4 B; u" R6 ]/ g
Nature Photonics! `( Y1 h9 r# e3 v6 u; z
3 e) S+ z$ @2 w' B p Nature Physics) v+ N' D4 T5 S, j" |
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Neuron
( m( k1 |' f/ b' W. u: x$ G( M; u8 V0 T# O5 j5 Y" w! r
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PLOS Biology6 k5 u/ A2 [; y9 x/ ^1 d
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/ E4 i7 [2 f4 z/ r5 K! H5 Z9 z Physical Review D
$ R9 m2 L% K3 y" {: i! |- {0 n3 D9 g+ Q0 r5 P9 C' s
Physical Review Letters+ c" j( h6 _% f, o: q9 c
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, p5 C# g7 P" L/ k6 k0 N- ~+ s0 d# A5 a. k' N, _$ e$ E
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The EMBO Journal
( o6 Y- {/ y' n! z7 F5 J. B
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