2015年6月18日，《自然》杂志发布2015年全球自然指数（2015 Nature Index）。此次发布的2015全球自然指数涵盖了2014年1月1日至12月31日发表在68种世界一流科研期刊上的57501篇论文。其中，中国科学院仍然是自然指数中位列全球第一的科研机构。
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% B, T* l |% i8 ~ 消息一出，不少人对此产生质疑。因为根据“自然”网站公布的2013年的自然出版指数（NPI）显示，中国科学院位列全球第六，相关计数值（CC，corrected count）不到哈佛大学的一半。仅仅一年，中科院就远远超越了哈佛大学，稳居世界第一，这的确让人有点匪夷所思。
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# x# {" ~0 M M+ i 对此，观察者网进行了查询，原来在2014年，《自然》杂志对这一指数进行了修正。《自然》杂志将统计指数名称从NPI（nature publishing index，自然出版指数）改成了NI（nature index，自然指数）。统计的收录论文的期刊也从18本扩展到了68本。
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2014年12月，《自然》杂志首次以全新的“加权分值计数法”（WFC，weighted fractional count）指数方式发布2014全球自然指数（Nature Index），对2013年的相关数据重新进行统计。结果，在全球前200名科研机构中，中国科学院自然指数排名第一。
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6 r1 c& I) m. a; T0 _3 Y, P" _
7 L; Q4 d4 s8 O! B
; Q. L& l J, [! w! C! a+ t: @ ?' b! p 由于，中科院在《自然》杂志上发表的文章较少，但在其他杂志上发表了不少论文。因此在NPI排名中的位次较低。在对指数进行修正以后，中科院的排名大大提升。
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根据“加权分值计数法”，若每篇科学论文的作者数为N，则将每一位作者对该篇论文的贡献记作“1/N”分，而不是都记为“1”分，同时考虑了不同学科之间的权衡问题，将学科优势和研究成果纳入分析中，因此更能反映一个作者、机构和国家对世界科学的贡献率。, ?$ g0 h C& `: X- h+ M3 n2 l
& M. w( _) i5 e* P* T. X( Z" _ 根据加权分数式计量，中国位列第二，仅次于美国。中国的 WFT 从 2013 年到 2014 年增长了 16%。自然指数显示，中国最主要的论文合作国家是美国、英国和德国。本地区位居前五的机构中，中科院的论文合作比例最低，北京大学最高。
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! J* N7 q! u& Y+ F% t% @ 英国著名杂志《自然》是世界上最早的国际性科技期刊，也是国际最权威的科学杂志之一，自1869年创刊以来，《自然》杂志每年都会以前一年所发表的论文为基础，衡量不同国家和研究机构的科研实力，并对往年的数据进行比较。& l6 Q( N9 ^; J/ @- a
9 D) ]8 |. V2 u# i7 P+ S' b; }, R2 | “自然出版指数”（NPI）是根据各科研机构与高校在《自然》和其他17本自然系列研究期刊上出版的文章数计算，常被作为衡量高质量的基础性研究的标志性指标。该指数每月更新一次，记录过去12个月内发表的文章数据。4 z* W3 [1 {; Z0 s$ ^8 y
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NPI依据的18本期刊如下：
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Nature+ |+ Y; X: _3 ]) [$ f
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Nature Cell Biology
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Nature Chemistry
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Nature Chemical Biology3 }( G, R2 E% K& ^2 R1 k
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Nature Climate Change! I4 y4 n! y9 O
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Nature Communications) d% H6 ~7 A0 `2 X. O8 O
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Nature Geoscience; J6 p' {# A3 t7 o4 L& i
. M9 k, k3 d: R7 P Nature Immunology. G( t" k0 V( o, R$ T
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Nature Medicine
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Nature Materials
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5 [/ y1 V: C& C5 k f) m, J Nature Methods
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Nature Neuroscience" Z2 \! G: X1 u) g1 B
! U9 C, T9 _# l; E2 q9 f( M- Z Nature Nanotechnology
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Nature Photonics
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Nature Physics7 Y, r2 F0 j: C
# |& p) C8 O9 g) l4 J7 u" M0 x- R Nature Structural & Molecular Biology
5 i: I& x4 ~, `5 g
' A/ G4 B# G; t& M 而“自然指数”（NI）是衡量国家与科研单位（大学）科研水平的新的指标，“自然指数”的依据是包括《自然》、《细胞》、《科学》在内的68家期刊。 68家期刊，是因为Nature集团基于学界的评价，把它们看成是科学界各学科最好的学术期刊，有人甚至认为，没有在这些期刊经常发表文章，就等于远离前沿，而且对你单位的学术影响力（“自然指数”）亦就没有贡献。: V! x* _/ }& v. `6 K7 k
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NI依据的68本期刊如下：
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American Journal of Human Genetics. o8 G1 ~: s3 y6 H
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Analytical Chemistry
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Angewandte Chemie International Edition
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Applied Physics Letters
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Cancer Cell
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Cell（《细胞》）2 H5 s7 K/ K$ Z' U& E% S
5 X9 d! r' ]6 |; j* F L) n; z Cell Host & Microbe
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Cell Metabolism
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Cell Stem Cell9 y7 ^+ g9 U% Y! H7 j, B
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Chemical Communications9 J4 h4 N2 h) P: G1 j2 {7 ?
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Chemical Science
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Current Biology
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Genes & Development; G" b4 V+ @/ N# M
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Inorganic Chemistry9 {7 i. l$ h4 s. t
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2 l* V, z( H$ K
Journal of Cell Biology
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Journal of Clinical Investigation2 l( U: S& R0 a$ L- U* j, [' L5 G
& B p. x- S# j' n# Z3 h2 k Journal of Geophysical Research: Atmospheres$ ~7 }& W5 ?+ Q4 @& _
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Journal of Geophysical Research: Oceans
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Journal of Neuroscience# ?: O1 @: J6 P) S/ E, ?$ l
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Molecular Cell9 K7 E+ J7 Q* a& E4 v. v
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Nature Chemical Biology [2 f5 q, V" H, p5 \( H, q5 ?
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Nature Chemistry
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Nature Immunology
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Nature Methods
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- v) K6 ?2 ~7 w, H
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Physical Review Letters
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Science （《科学》）. i' O6 u' W2 x3 o4 e6 m
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The Astrophysical Journal
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